A estrutura do laboratório fica no Centro de Estudos do Mar, no balneário de Pontal do Sul. O laboratório conta com duas salas de apoio: uma para dissecação dos animais e armazenamento de amostras biológicas e outra para maceração (técnica usada para preparo de material biológico), além da sala/escritório utilizada por toda a equipe, na qual ficam os equipamentos.
O laboratório possui equipamentos como GPS, binóculo reticulado, máquina fotográfica digital, filmadora digital, computadores e impressora, além de um freezer e material e equipamentos para dissecação. Conta também com um acervo bibliográfico que é constantemente atualizado. Todo o material biológico coletado é direcionado a projetos de pesquisa que são desenvolvidos pelos estagiários e por parceiros do LEC.